বঙ্গমাতা শেখ ফজিলাতুন্নেছা মুজিব বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয় হচ্ছে বাংলাদেশ সরকারের অথার্য়নে একটি পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয়। এটি বাংলাদেশের ৪০ তম পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয় এবং ময়মনসিংহ বিভাগের প্রথম বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয়।
তৎকালীন বস্ত্র ও পাট প্রতিমন্ত্রী জনাব মির্জা আজম এম.পি. জামালপুরের মেলান্দহে বঙ্গমাতা শেখ ফজিলাতুন্নেছা মুজিব বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয় নামে একটি বিশেষায়িত পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয় স্থাপনের জন্য মাননীয় প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার নিকট আবেদন করেন। এর প্রেক্ষিতে ৩০ জানুয়ারী ২০১৭ তারিখে নিয়মিত মন্ত্রিসভায় জামালপুর জেলায় বঙ্গমাতা শেখ ফজিলাতুন্নেছা মুজিব বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয় স্থাপনের নীতি পাশ হয়, যেটির সভাপতিত্ব করেন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা। একই দিনে নেত্রকোনায় আরেকটি নতুন পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয়ও প্রতিষ্ঠার জন্য অনুমোদন দেয়া হয়। এরপর ২০ নভেম্বর ২০১৮, মহান জাতীয় সংসদে বঙ্গমাতা শেখ ফজিলাতুন্নেছা মুজিব বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয় বিল-২০১৭ সর্বসম্মতিক্রমে ও কন্ঠভোটে পাশ করা হয়। ২০১৮-২০১৯ শিক্ষাবর্ষ থেকে প্রতিষ্ঠিত বিশ্ববিদ্যালয়ের শিক্ষা কার্যক্রম শুরু হয়।
বাঙালি জাতির জনক বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবর রহমানের সহধর্মিণী মহীয়সী নারী বঙ্গমাতা শেখ ফজিলাতুন্নেছা মুজিব এর নামে এই পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয়টির নামকরণ করা হয়েছে ।
বর্তমানে চারটি অনুষদের অধীনে পাঁচটি বিভাগ রয়েছে।