কুষ্টিয়াতে অবস্থিত ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয় স্বাধীনতার পর বাংলাদেশে প্রতিষ্ঠিত প্রথম সরকারি বিশ্ববিদ্যালয়। বিশ্ববিদ্যালয় পর্যায়ে এটিই দেশের সর্বোচ্চ ইসলামী বিদ্যাপীঠ। বাংলাদেশের সংবিধানের সাথে সামঞ্জস্য রেখে এই বিশ্ববিদ্যালয়ে সকল ধর্মের ও বর্ণের দেশী-বিদেশী ছাত্র-ছাত্রী-শিক্ষকের সমন্বয়ে শিক্ষা কার্যক্রম পরিচালিত হয়। বিজ্ঞান, প্রকৌশল ও প্রযুক্তি, ব্যবসা প্রশাসন, সামাজিক বিজ্ঞান এবং মানবিক ও কলা অনুষদীয় বিষয়ের পাশাপাশি দেশে শুধুমাত্র এই বিশ্ববিদ্যালয়টিতেই ধর্মতত্ব ও ইসলামী আইনের উপর স্নাতক ও স্নাতকোত্তর ডিগ্রী প্রদান করা হয়। শুরুর দিকে বিশ্ববিদ্যালয়টি আর্থিকভাবে ইসলামী সম্মেলন সংস্থার সাহায্য পরিচালিত হয়ে আসলেও বর্তমানে এটি বাংলাদেশ সরকারের অর্থায়নে পরিচালিত হচ্ছে। ইসলামী শিক্ষার উন্নতি সাধনের লক্ষ্যে ১৯৭৯ সালের ২২ নভেম্বর খুলনা বিভাগের কুষ্টিয়া জেলায় প্রতিষ্ঠানটি গঠন করা হয়। ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয় ১৯৮৬ সালের ২৮ জুন তাদের একাডেমিক কার্যক্রম শুরু করেন।বর্তমানে ৮ টি অনুষদের অধীনে ৩৪ টি বিভাগের চালু আছে ।