নৌপরিবহন মন্ত্রণালয় হচ্ছে বাংলাদেশ সরকারের একটি মন্ত্রণালয়, যেটি নৌপরিবহন সংক্রান্ত যাবতীয় নিয়ম-নীতি, আইন প্রচলন, প্রশাসনিক কার্যবলী সম্পাদন করে থাকে ।
১৯৭১-এর বাংলাদেশের মুক্তিযুদ্ধের পরে তৎকালীন রেল, নৌ ও সড়ক পরিবহন খাতের সমন্বয়ে যোগাযোগ মন্ত্রণালয় সৃষ্টি হয়। পরবর্তী সময়ে যোগাযোগ মন্ত্রণালয়ের কার্যপরিধি বৃদ্ধি পাওয়ায় জাতীয় স্বার্থে যোগাযোগ মন্ত্রণালয়কে পুনর্বিন্যাসপূর্বক বন্দর, জাহাজ চলাচল ও অভ্যন্তরীণ নৌ-পরিবহন মন্ত্রণালয় প্রতিষ্ঠা করা হয়। ১৯৮৮ সালের জানুয়ারি মাসে বন্দর, জাহাজ চলাচল ও অভ্যন্তরীণ নৌ-পরিবহন মন্ত্রণালয়কে ‘‘নৌ-পরিবহন মন্ত্রণালয়’’ হিসেবে নামকরণ করা হয় ।